Могу сказать, что для меня при выборе машины основным аргументом было то, что Fortuner 7-ми местная машина, а Prado чаще всего 5-ти местная. 7-ми местная тоже бывает, но очень редко.
Может на первом поколении Fortuner немного не так, а на втором полный привод - это парт тайм, то есть есть возможность ездить только на заднем приводе, что скорее всего будет немного экономичнее, чем с фултайм у Prado.
По высоте Prado немного больше и немного больше места над головой.
У Fortuner немного другая рама. Она от Хайлакса, то есть более грузовая, соответственно более крепкая.
Prado считается более угоняемой машиной.
В целом по комфорту и престижности Prado лучше. По утилитарности думаю, что Fortuner лучше. У него меньше разных опций, соответственно, меньше что может сломаться.