Раньше эксплуатировал только механику и критиковал АКПП по разным причинам, до тех пор пока не пересел на авто с автоматом. Механика нужна в одном случае, когда в натяг что-то надо сдвинуть и в это время играть сцеплением. Как результат жженное сцепление. Во всех других случаях автомат выигрывает, а если тяжело тонко работать автоматом, то включаешь пониженную и вперед, кстати на слабом двигателе предпочтительнее автомат, отсутствует вероятность заглохнуть в самый неподходящий момент. Если с технической стороны, то двигателю с АКПП комфортнее чем с МКПП, а с вариатором еще более комфортнее. Что касается расхода, то он в основном зависит от среды обитания авто и манеры езды (чем меньше жмешь на тормоз, тем меньше расход).
Ну и если применительно к Фортунеру, то комплектация с АКПП гораздо интереснее чем с МКПП. Но опять же все дело вкуса и понятия для чего Вам нужен Фортунер.