У креплений, пока они не окончательно закреплены, есть небольшой люфт, как раз в пределах этих 2-3-х мм. Я наживлял их вплотную к крыше, чтобы не болтались и сверлил по отверстиям. Потом наживлял рейлинги и докручивал крепления. Все получилось вплотную к крыше, абсолютно без зазора.
Возможно они предполагают заполнение этого пространства ( над кронштейнами , под крышей) герметиком типа того на который клеют стекла, убивается 2 зайца сразу и уплотняем и фиксируем соединение от нагрузочной подвижки?